Mặc dù không phải là cơ quan chấp chính, nhưng Hội đồng Nhân sĩ có tác dụng làm diễn đàn quốc gia góp ý và chỉ trích chính phủ trong thời kỳ quân nhân nắm quyền tạm thời. Cũng vì phát biểu tự do của Hội đồng Nhân sĩ cùng với việc báo chí loan tin rộng rãi mà Hội đồng Quân nhân Cách mạng phải xúc tiến đưa ra kế hoạch trao trả quyền hành lại cho chính phủ dân sự, trong đó là nỗ lực soạn một hiến pháp mới.[3] Tuy nhiên, việc tướng Khánh lên nắm quyền và ra quyết định giải tán Hội đồng Nhân sĩ đã kéo dài sự xáo trộn của xã hội Việt Nam Cộng hòa trong gần 1 năm rưỡi sau đó.

Tướng Đỗ Mậu nhận định việc thành lập Hội đồng Nhân sĩ là một cơ cấu rất thích hợp với hoàn cảnh chính trường Việt Nam Cộng hòa bấy giờ, giữ nhiệm vụ và có quyền hạn của một cơ quan lập pháp tạm thời trong lúc chờ đợi Hiến pháp và Quốc hội mới, ngoài ra, nó còn đóng vai đối lập với chính quyền, một vai trò cần thiết để thể hiện dân chủ trong giai đoạn quân nhân nắm quyền. Tuy nhiên, ông cũng cho rằng đây là một sai lầm lớn của Hội đồng Quân nhân Cách mạng do tướng Dương Văn Minh cầm đầu, khi thành phần của Hội đồng thiên về các nhân vật là cộng sự viên cũ của các tướng lĩnh mà thiếu các nhân sĩ lão thành tiếng tăm như Nguyễn Xuân Chữ, Trần Văn Hương... cũng như các lãnh tụ của các tôn giáo, đảng phái như Thiên Chúa giáo, Phật giáo, Tin Lành, Cao Đài, Hòa Hảo, Đại Việt Quốc dân Đảng, Việt Nam Quốc dân Đảng, Việt Nam Cách mạng Đồng minh Hội, Dân chủ..., thậm chí tệ hại hơn, khi một số thành viên là những nhân vật có quá khứ gắn kết với Tổng thống Ngô Đình Diệm như ông Trần Trung Dung...